目前，广州地铁14、16、25、30（在建）号线等线路经过花都区。 其中，地铁14号线一期于2017年8月开通。该线连接花都区和天河区两大主城区，沿线的白云湖公园、黄埔军校、北京西汽车客运站等城市景观和文化遗址众多；
地铁16号线一期于2016年底开通。该线串联了广州市北部重点发展区与南部滨江商务区，并连接佛山南海区；
而地铁25号线是广州市首条地铁环线，预计2023年建成，线路途经荔湾区、越秀区、海珠区、白云区及天河区五个行政区。此外还有一条有轨电车线路——花海专线也途经花都区，该线路将于明年建成试运营。
据广州地铁规划地图显示，未来还有多条轨道交通通过或沿花都在建，包括地铁9号线北延段、广清城际、广深城际等，以及有轨电车2号线、3号线等。
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广州地铁二号线是联通广州老城区和花都的骨干线路，该线路北起花都区玫瑰园站，南至海珠区嘉禾站，线路全长21.5公里，一期工程于2001年6月15日竣工通车，是贯穿市区南北发展轴的骨干线路。
二号线（广州南站－白云北站）：嘉禾望岗往广州南站方向（全长37.2km）运行时间为52 分22秒（其中广州南站至嘉禾望岗运行时间57分11秒），全程运行时间约为57分钟。海珠广场→江南西→昌岗→沥滘→万胜围→南浦→洛溪→南洲→三元里→白云公园→嘉禾望岗→平西→广州北站→秀全公园→凤凰南路→新和→高增→嘉禾望岗。
广州地铁二号线作为广州铁路枢纽重要交通配套设施，地铁二号线将铁路枢纽与市内主要活动中心及对外交通设施有效连接起来，大大改善了旅客在市内的换乘和集疏运条件，对于推动以地铁作为城市交通主体客流量快速增长，带动花都城区市政、公用设施向现代化城市发展。
